Estabeleça a distinção entre independência funcional (parágrafo único do art. 1º da Lei nº 8.625/93) e autonomia funcional (artigo 3º, caput, da Lei nº 8.625/93).
O Ministério Público é instituição permanente, essencial à função jurisdicional do Estado (art. 127 da CF), sendo-lhe assegurada autonomia funcional (art. 3º, caput, da CF). Ademais, garante-se a seus membros independência funcional (art. 1º, parágrafo único, da Lei n. 8.625/93).
Consoante lição doutrinária, a autonomia funcional é atributo do Ministério Público enquanto instituição. Significa, em síntese, que o Parquet não está subordinado aos demais poderes, notadamente o Executivo. Disso decorre uma série de prerrogativas, exemplificativamente listadas nos arts. 3º e 4º da Lei n. 8.625/93, entre as quais se destaca a elaboração de sua proposta orçamentária, dentro dos limites da lei de diretrizes orçamentárias. Destaca-se que a autonomia funcional não é um fim em si mesma, mas uma prerrogativa que objetiva permitir que o Ministério Público exerça suas atribuições sem pressões indevidas dos demais poderes. Ainda, ressalta-se que referido atributo não torna o Ministério Público imune à ação fiscalizatória dos órgãos para tanto instituídos, a exemplo do Tribunal de Contas, que poderá apurar eventuais irregularidades.
A independência funcional, por outro lado, é atributo do Promotor de Justiça. Significa, em suma, que, no exercício da atividade-fim, o membro do Ministério Público goza de liberdade para externar sua posição, não estando subordinado a quem quer que seja. De modo a garantir referida independência, a Constituição Federal impõe-lhe uma série de vedações (art. 128, inciso II, da CF): proibição de receber honorários, percentagens e custas processuais; proibição de exercer a advocacia, proibição de exercer outra atividade, salvo magistério, proibição de exercer atividade político-partidária e proibição de receber auxílios ou contribuições de pessoas físicas ou jurídicas. Aqui, também cabe ressaltar que se trata de uma prerrogativa com o objetivo de asseguar que a atuação do Promotor de Justiça seja pautada pela ordem jurídica e por sua consciência, apenas. Também cabe a ressalva de que a independência funcional não torna o Promotor de Justiça insuscetível de responsabilização, já que este pode ser processado administrativamente, criminalmente (observado o foro por prerrogativa de função - art. 39, inciso IV, da Lei n. 8.625/93) e civilmente.
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